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rebirther
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PostPosted: 10.11.2016, 18:09    XANSONS for COD Reply with quoteBack to top

http://xansons4cod.com/xansons4cod/

Team

Quote:
XANSONS for COD is a research project aimed to create an open access database of simulated x-ray and neutron powder diffraction patterns for nanocrystalline phase of the materials presented in the Crystallography Open Database (COD).


Last edited by rebirther on 17.12.2016, 16:39; edited 2 times in total

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DoctorNow
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PostPosted: 10.11.2016, 20:31    Re: XANSONS for COD Reply with quoteBack to top

Oi, schon wieder was Neues... :-)
« rebirther » wrote:
Due an issue with re-captcha you cant create an account.
Du hast wohl den manuellen Weg über die Homepage gewählt...
Über den BOINC-Manager taucht jedenfalls kein ReCaptcha auf. ;-)

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rebirther
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PostPosted: 10.11.2016, 21:23    (No subject) Reply with quoteBack to top

ok, so gehts auch aber noch nie genutzt, Team ist erstellt.
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Buckey
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PostPosted: 11.11.2016, 08:07    (No subject) Reply with quoteBack to top

hm... das Projekt scheint noch im Alpha-Stadium zu sein.
Wenn man sich mit der Domain statt mit der IP anmeldet gibt es ne Fehlermeldung im Client.
Dann habe ich noch auf einem Notebook mit integrierter AMD-Grafik festgestellt, dass wenn ich dort eine Anwendung öffne die auf die Grafikhardware zugreift der AMD-Treiber abstürzt und die WU trotzdem weiterrechnet.
Bis dato habe ich aber noch nicht herrausgefunden mit was die WU nach Absturz des Treibers berechnet wird, die CPU, Festplatte und Grafikkarte können es eigentlich nicht sein, da diese laut Openhardwaremonitor nicht oder kaum in Benutzung sind.
Auf dem AMD-Notebook sind die Berechnungen die fertiggestellt wurden als ungültig markiert. Ich denke es wird die zu schwache Grafikkarte sein.
Bei meinem 2.Rechner mit NVIDIA GTX 960 Grafik sind zirka 4 Prozent Ausschuß-WU´s bei.
Insgesamt scheint es bei dem Test-Projekt noch nicht wirklich gut zu laufen. Mal sehen wie sich das Projekt entwickelt und ob es nach kurzer Zeit wieder aufgibt, wie so viele vor diesem.

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Last edited by Buckey on 13.11.2016, 18:21; edited 1 time in total

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vlad
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PostPosted: 13.11.2016, 14:06    Re: XANSONS for COD Reply with quoteBack to top

« rebirther » wrote:

Due an issue with re-captcha you cant create an account by web.


Sorry, I forget to add the recently acquired domain name into re-captcha settings. I've added it now. The web-based account creation seem to be working. Thank you for reporting this issue!

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vlad
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PostPosted: 13.11.2016, 18:18    (No subject) Reply with quoteBack to top

« Buckey » wrote:
hm... das Projekt scheint noch im Alpha-Stadium zu sein.
Wenn man sich mit der Domain statt mit der IP anmeldet gibt es ne Fehlermeldung im Client.
Dann habe ich noch auf einem Notebook mit integrierter AMD-Grafik festgestellt, dass wenn ich dort eine Anwendung öffne die auf die Grafikhardware zugreift der AMD-Treiber abstürzt und die WU trotzdem weiterrechnet.
Bis dato habe ich aber noch herrausgefunden mit was die WU nach Absturz des Treibers berechnet wird, die CPU, Festplatte und Grafikkarte können es eigentlich nicht sein, da diese laut Openhardwaremonitor nicht oder kaum in Benutzung sind.
Auf dem AMD-Notebook sind die Berechnungen die fertiggestellt wurden als ungültig markiert. Ich denke es wird die zu schwache Grafikkarte sein.
Bei meinem 2.Rechner mit NVIDIA GTX 960 Grafik sind zirka 4 Prozent Ausschuß-WU´s bei.
Insgesamt scheint es bei dem Test-Prjekt noch nicht wirklich gut zu laufen. Die Betreiber schein laut Webseite aber anderer Meinung zu sein. Mal sehen wie sich das Projekt entwickelt und ob es nach kurzer Zeit wieder aufgibt, wie so viele vor diesem.


I'm sorry, I do not speak German, but if I understand correctly you've got a driver crash error for integrated AMD GPU (Radeon HD 8400). I apologize for this. I've added the following warning on the website: "Some issues with integrated AMD GPUs have been reported. It is not recommended to use them for this project until these issues are resolved". Also, I've indicated that the project is on the alpha stage (now it should be clear).

Regarding the origin of the issue with the integrated AMD GPU, I suggest that it is not because of the slow performance of this GPU (I've tested the app even on slower Intel GPUs) but rather because of some issues with the implementation of 64-bit atomic operations (if this GPU support them).

Regarding the validation of the results, I'll try to optimize it. Indeed, now some results may not pass the validation even if they are correct. I think that the problem is that some input data contains uncertain parameters (like uncertainties of atomic position in the crystal unit cell), which results in some randomization of the output diffraction pattern. I need to choose the right margin of error for this case.

Thank you for participating, testing and reporting the issues! Actually, I did not expect to get the response from the volunteers so fast.

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rebirther
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PostPosted: 13.11.2016, 18:44    (No subject) Reply with quoteBack to top

Dont worry about German vlad, you can post all in English, we are trying all to optimize any new BOINC project and share our experiences. We know its in alpha state so problems are preprogrammed.
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Buckey
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PostPosted: 14.11.2016, 23:49    (No subject) Reply with quoteBack to top

Wow...ich hätte nicht gedacht, das hier mal ein Projekt-Betreiber rein schaut. Yahoo Mein Bericht war nicht als Kritik angedacht, sondern eher die Erfahrungen die ich mit dem Projekt bis dato gemacht habe. Ich werde das Projekt mal bei meiner AMD RX 480 OC ausprobieren, wenn es wieder WU´s gibt und berichten.
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Buckey
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PostPosted: 17.11.2016, 11:19    (No subject) Reply with quoteBack to top

So, ich habe mal ein paar WU´s auf meiner AMD RX480 laufen lassen. Die Laufzeit bei der AMD Karte ist nicht sehr optimal. Auf der AMD läuft eine WU zirka 1/3 langsamer als auf einer NVIDIA GTX960. Ist schon erstaunlich der Unterschied. Shok
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PostPosted: 17.11.2016, 16:42    (No subject) Reply with quoteBack to top

« Buckey » wrote:
So, ich habe mal ein paar WU´s auf meiner AMD RX480 laufen lassen. Die Laufzeit bei der AMD Karte ist nicht sehr optimal. Auf der AMD läuft eine WU zirka 1/3 langsamer als auf einer NVIDIA GTX960. Ist schon erstaunlich der Unterschied. :shok:

That's interesting. It appears, that some Nvidia GPUs indeed do the computation for this project faster compared with some AMD GPUs of the same (or better) theoretical performance. However, the difference is not that big. First of all, one need to compare different results for the same WU in details.
Below are some numbers.
This is your numbers for this task from stdout file:
Selected OpenCL platform:
AMD Accelerated Parallel Processing
Selected OpenCL device:
GPU: Ellesmere
Number of compute units: 36
GPU clock rate: 1266 MHz
Theoretical peak performance: 5833 GFLOPs

Histogram calculation time: 2.90629 s
1D pattern calculation time: 0.421881 s
Total calculation time: 4.01568 s

I repeated the calculations for the initial data of this WU on my Nvidia GTX Titan and got the following numbers for CUDA version:
Selected CUDA device:
GPU name: GeForce GTX TITAN
CUDA compute capability: 3.5
Number of multiprocessors: 14
GPU clock rate: 875 MHz
Theoretical peak performance: 4704 GFLOPs

Histogram calculation time: 2.34258 s
1D pattern calculation time: 0.218225 s
Total calculation time: 2.79636 s

and the following numbers for OpenCL version:
Selected OpenCL platform:
NVIDIA CUDA
Selected OpenCL device:
GPU: GeForce GTX TITAN
Number of compute units: 14
GPU clock rate: 875 MHz
Theoretical peak performance: 4704 GFLOPs

Histogram calculation time: 2.45731 s
1D pattern calculation time: 0.361046 s
Total calculation time: 3.07739 s

Now, let's compare the numbers. I introduce the following notations: tH is for Histogram calculation time , tP is for 1D pattern calculation time and tT is for Total calculation time. tH and tP are mostly the GPU time, so tGPU = tH + tP. tT - tGPU = tCPU is the CPU time.

For the pure GPU time we have RX480/Titan = 1.30 times slower for CUDA version and RX480/Titan = 1.18 times slower for OpenCL version. Note, that this numbers are compared not with the GTX 960 but with the GTX Titan which is about twice as fast as GTX 960.

tH is determined not only by the theoretical peak performance of the GPU but by the implementation of 64-bit atomic operations rarely used in common GPU applications. Of course, scientific oriented GPUs like Titan perform these operations faster.

tP should be proportional to the theoretical peak performance, so it's strange for me, that tP is bigger for RX480, however for the larger crystallite sizes tGPU are fully determined by tH.

tCPU is affected not only by the CPU speed but by many factors like disk performance.
At the end, just to compare the GPU and CPU performances I post the numbers obtained with the six-core CPU Intel i7-970 for the same task. They speak for themselves).
Histogram calculation time: 99.3521 s
1D pattern calculation time: 24.7636 s
Total calculation time: 124.184 s

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PostPosted: 22.11.2016, 11:32    (No subject) Reply with quoteBack to top

Ich habe jetzt mal einen Wiki-Eintrag für das Projekt erstellt und mir die Mühe gemacht, den Text zu übersetzen - was nicht ganz einfach war. Ich hoffe, es ist halbwegs verständlich, aber wenn man nicht Chemie studiert hat (ich nehme doch an, es gehört in die Chemie-Kategorie), versteht man es wahrscheinlich eh kaum. ;-)
Wer Lust hat, kann es ja nochmal gegenlesen und ggf. korrigieren.

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PostPosted: 30.11.2016, 18:30    (No subject) Reply with quoteBack to top

So, das Projekt hat seine "erste Phase" bereits beendet, jetzt heißt es warten bis Ende 2017 vermutlich, damit es weitergeht.
Mehr Details dazu gibt es noch hier

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PostPosted: 09.06.2017, 12:01    (No subject) Reply with quoteBack to top

In Kürze wird das Projekt seine Arbeit fortsetzen:
Quote:
5 Jun 2017, 21:46:33 UTC Project restart in June
The maintenance is almost over. The new native BOINC apps are being tested in the local network now. We expect the project to be restarted at the end of next week. This will be preceded by server and storage upgrade. The work on the database is still in progress and will continue in parallel with the computations.

Also, the paper “XANSONS for COD: a new small BOINC project in crystallography” was accepted for presentation at the BOINC:FAST’2017 conference which is to be held in Petrozavodsk, Russia in August.

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PostPosted: 10.06.2017, 11:31    (No subject) Reply with quoteBack to top

Ich hoffe das die Account-Erstellung dann auch wieder freigeschaltet wird:

Quote:
This project is not accepting new accounts


Gruß Odi

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PostPosted: 18.06.2017, 19:56    (No subject) Reply with quoteBack to top

Es ist soweit, es gibt wieder Arbeit:
Quote:
18 Jun 2017, 18:09:05 UTC Maintenance is over!
The project is restarted with new native BOINC apps and additional computational scenario.

Now the large WUs can be assigned only to the GPU and the small ones only to the CPU.

GPU apps do not require dedicated CPU core by default anymore. If you notice any performance issues caused by this, consider using custom app configuration. Place this file in the project's folder.

The apps of this project do not make checkpoints. If stopped, the task will be restarted from the beginning. The task execution time should not exceed 10 minutes for moderate PCs. However, some tasks may take longer to complete on low-end PCs. This is particularly true for low-end GPUs. If the execution time of tasks is unacceptably high for your GPU, consider disabling it in the "Preferences for this project" in your profile page.

The project is in beta-testing stage. Bugs are more than likely. However, all the results obtained during this stage will be included in the final database If no critical errors are found.

Thank you for participating!

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PostPosted: 18.06.2017, 22:50    (No subject) Reply with quoteBack to top

Endlich auch dabei ;)

Gruß Odi

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